西安交大二院目前设有48个临床医技科室、专科病院和研究室，拥有数量众多的国家重点学科和国家临床重点专科群，其中泌尿外科、皮肤科、骨外科、消化内科、临床专科护理、地方病科（地方性骨病、心肌病、碘相关及甲状腺疾病）、麻醉科、呼吸内科、耳鼻咽喉头颈外科、急诊医学科均为国家教育部、国家卫计委评定的国家重点学科和国家临床重点专科建设单位。

此外，心血管内科、神经内科、肾病内科、内分泌科、神经外科、胸外科、心外科、妇产科、感染科、医学康复科、重症医学科和老年保健等学科在相关领域的研究和诊治方面均形成了各自突出的优势和鲜明的特色，在西北及陕西省医学界中具有重要影响和学术地位，在广大百姓群众中也享有极高的认可度和良好的口碑。

近年来，随着国家医药卫生体制改革不断深入，交大二附院努力打造西北医院医联体，推动自身优质医疗资源下沉，已先后对口协作超过100家医院，其中包括上级指派的对口支援机构、紧密型医联体和客座型医联体三类。

2015年7月，陕西省正式推行分级诊疗制度。西安交大二院建成7个多学科联合门诊，包括消化肿瘤多学科联合门诊、肺部肿瘤多学科联合门诊、脑血管疾病多学科联合门诊、前列腺癌多学科联合门诊、呼吸睡眠障碍多学科联合门诊、结节性硬化多学科联合门诊、青少年肥胖多学科联合门诊等，为疑难病患者开启了通往健康的“绿色通道”。

西安交大二院的发展目标是世界一流大学“精品医院”。但因为地处西安市中心，常年受物理空间不足的限制，近年来发展进入了艰难期，高层次人才及科研用房问题亟待解决。为此，“一院四区”的多模式发展蓝图已经绘就。在多方协调和努力下，大明宫院区（整合心血管病医院）已经装修改造完毕，近期即将投入使用。这将促使医院未来得到更大的发展。

在学科建设方面，医院制订了一系列的政策，开展多种方式促进医护人员队伍建设。例如，举办各种国际、国内学术会议；支持人才队伍出国学习、研究；广泛的对外合作，有美国、澳大利亚、英国、台湾、澳门、香港，还有以色列等，尤其实质性合作越来越多。

在专科建设方面，通过医联体，直接派出院长、专家，与下级医院全面地合作，推进专科联动。